肃南县是全国12个找矿重点区带之一和甘肃省黑色和有色金属矿产富集区，全县已发现各类矿产地145处，矿产有34种，已探明资源储量的26种。其中金属矿有：铁、铜、钨、钼、铅、锌、锰、铬、金、镍、锑、铝、银、汞14种；非金属矿有：石灰岩、凹凸棒石、萤石、白云岩、黏土、石膏、石棉、硫、石英砂、磷、芒硝、重晶石、硅石、大理石、花岗石、蛇纹石、高岭土17种；能源矿有煤、石油2种；水气矿产有矿泉水1种，矿产资源开发利用前景广阔。

全县共设置探矿权26宗，勘查总面积165.09平方公里，主要涉及矿种为钨、铁、铜、煤、铅锌、铅、重晶石、石灰石、石膏、蛇纹岩等；设置采矿权39宗，钨、钼、铁、铜、铅锌、矿泉水、溶剂用灰岩、白云岩、石膏、石灰石、蛇纹岩、冶金用石英岩、建筑用石料等。

全县共有各类矿山65个，其中采矿矿山39个，探矿矿山26个。各类矿山均不位于生态保护红线内，不涉及国家公园，不位于祁连山自然保护区内。